Die bayerische Staatsregierung zeigt Besorgnis über die sich abzeichnende Verschärfung des Verkehrs über die Alpen in den kommenden Jahren. Der Verkehrsminister Christian Bernreiter äußerte, dass bereits jetzt der Alpenverkehr nicht reibungslos verlaufe. Bau- und Sanierungsarbeiten auf Straße und Schiene sowie Blockabfertigungen und Fahrverbote, die von Tirol veranlasst werden, tragen zusätzlich zu den bestehenden Problemen bei. Bernreiter forderte die Regierungen in Berlin und Wien auf, die Belange Bayerns ernst zu nehmen.
Auch der bayerische Wirtschaftsminister Hubert Aiwanger äußerte Besorgnis über die Herausforderungen im Verkehr über die Alpen, insbesondere auf der Brennerstrecke. Er bemängelte die unkoordinierten Baumaßnahmen auf Schiene und Straße. Aiwanger plant daher, mit der deutschen Bundesregierung in Kontakt zu treten, befürchtet jedoch wenig Erfolg aufgrund der scheinbaren Entfernung Berlins von den Alpen.
Die bayerische Staatsregierung kritisiert insbesondere die Lkw-Blockabfertigungen an der bayerisch-tirolerischen Grenze bei Kufstein. Sie fordert die Umsetzung eines digitalen Lkw-„Slotsystems“, das bereits politisch von Bayern, Tirol und Südtirol vereinbart wurde. Ein solches System sollte idealerweise mit einer Lockerung des Tiroler Nachtfahrverbots verknüpft werden. Angesichts der Klage Italiens gegen Österreich wegen der Anti-Transitmaßnahmen in Tirol hegen die bayerischen Vertreter jedoch keine großen Erwartungen. Sie sehen das Slotsystem als rasch umsetzbare Lösung an, während direkte Gespräche bevorzugt werden.
In Bayern bereiten nicht nur die maroden Brücken wie die Luegbrücke auf der Tiroler Brennerautobahn oder die alternden Bauwerke entlang wichtiger Alpen-Routen Sorgen. Einseitige Verkehrsbeschränkungen in Österreich wie Blockabfertigungen und Fahrverbote sowie geplante Mautgebühren und Verkehrsampeln in bestimmten Gebieten könnten zu Verkehrskollapsen führen. Sowohl im Schienen- als auch im Straßenverkehr stehen die kommenden Jahre vor großen Herausforderungen im Alpentransit.