Die Stadt Salzburg kürzte das Budget für die S-Link-Gesellschaft drastisch um 75 Prozent. Trotzdem weigert sich die Stadt, ihren 25-Prozent-Anteil an das Projekt zu zahlen. Dies führte zu Spannungen, da die Zukunft des Projekts jetzt unsicher ist. Die Projektgesellschaft, angeführt von Geschäftsführer Stefan Knittel, wurde damit konfrontiert, dass die Stadt keine zusätzlichen Zahlungen leisten wird. Dies steht im Zusammenhang mit der Unsicherheit bezüglich des Streckenverlaufs der geplanten Mini-U-Bahn.
Gerüchte über eine drohende Insolvenz der Gesellschaft, sollten die Gesellschafter nicht mehr investieren, wurden von Stefan Knittel vehement zurückgewiesen. Knittel unterstrich die vorausschauende Finanzplanung des Projekts für 2024, das ursprünglich 30 Millionen Euro vorsah. Bisher wurde das Budget von der Salzburg AG finanziert, die Mittel kamen jedoch vom Bund und dem Land. Nun veränderte die Übergabe der Konzession die Rechtsform, wodurch die S-Link-Projektgesellschaft, jetzt als „Salzburg Linien“ agierend, den Bau und Betrieb der Strecke übernehmen soll.
Aufgrund fehlender Ausschreibungen und einer noch nicht festgelegten Trasse bis nach Hallein wurde das Budget drastisch von 30 Millionen Euro auf 7,5 Millionen Euro reduziert. Probebohrungen wurden ausgesetzt, bis die genaue Trassenführung feststeht. Gerüchte über Nachzahlungen seitens der Stadt werden von Knittel als ungerechtfertigt abgetan. Die Stadt sieht sich nun mit einer reduzierten Zahlungsaufforderung konfrontiert, da das Budget entsprechend angepasst wurde.
